水處理中的色素去除是一步重要的環節，色素去除率高，出水清澈透明；色素去除率低，出水就渾濁，帶有各種顏色，這樣出水肯定是不達標的。

色素去除有兩種方法，一種是氧化法，一種是生化法。氧化法主要是通過投加氧化劑去除水中的色素，而這種能夠被氧化的色素大部分是還原性的色素，具有一定的局限性。芬頓試劑（硫酸亞鐵+雙氧水）、漂白水、氯氣等是較為常見的去色氧化劑，具有不可逆性，色素去除率也比較高。

生化法主要針對有機色素，像印染廢水、造紙廢水等有機物含量高的廢水，里面有機色素的含量也比較高，用一般的氧化法去除色素效果不佳，而且去除率低下還會導致二次污染，也就是產生新的色素。用微生物處理脫色對于有機色素含量高的水體來說，去除率是很高的。